Villarreal Club de Futbol B
Uniforme titular: Samarreta, pantalons i mitges grogues.
Uniforme alternatiu: Samarreta, pantalons i mitges blau fosc.
Inicis en 3ª Divisió
En la seua primera temporada a Tercera Divisió (temporada 2003-04) va finalitzar tercer i es va classificar per primera vegada per els play-off per ascendir a Segona Divisió B. A la primera eliminatòria es va enfrontar contra el Santanyí i el va guanyar 2:1 en el còmput total de l'eliminatòria, en la segona s'enfrontava contra el Badalona, el favorit en aquesta eliminatòria, i efectivament el Villarreal va perdre 4:3 en el còmput total .
La segona temporada (2004-05) els seus resultats van ser inferiors, ja que va quedar cinquè classificat. A la temporada 2005-06 el Villarreal B, va aconseguir la seua millor classificació a Tercera Divisió en quedar primer del Grup VI amb 100 punts. Es van classificar per tant per als play-off d'ascens a Segona Divisió B per segona vegada en la història, en la primera eliminatòria li va tocar jugar contra el Cartagena Promesas, i el Villarreal B va guanyar amb un còmput total de 6 - 2, mentre que en la segona eliminatòria li va tocar novament un rival bastant difícil: el RCD Espanyol B. Una vegada més, el Vila-real B va perdre 4-2 i va tornar a quedar-se a les portes de l'ascens a 2 ª Divisió B.
Ascens a Segona B
La quarta temporada a Tercera Divisió ( 2006-07) va ser quasi perfecta per al Villarreal B: van quedar subcampions de grup i van aconseguir per fi l'ascens a Segona Divisió B. Després de classificar-se per el play off d'ascens per tercera vegada, en la primera ronda els va tocar enfrontar-se a un equip teòricament inferior, i com s'esperava va guanyar per 7-0 en el còmput total de l'eliminatòria, en la segona eliminatòria, en canvi, es va mesurar amb un equip amb molta experiència a Segona Divisió B el Club Deportivo Mirandés. L'anada es va jugar a la Ciutat Esportiva del Villarreal i va guanyar per 3-1, a la tornada el Villarreal B va aconseguir defensar el resultat malgrat perdre per 2-1 a l'Estadi d’Anduva, i per tant va aconseguir ascendir a Segona Divisió B. Després d'aquest ascens el Villarreal B va jugar a la temporada 2007-2008 en el Grup 3 de Segona Divisió B del futbol espanyol. En el primer any a Segona divisió B, va aconseguir una magnífica posició onzena, en una temporada regular ja que l'equip va estar moltes vegades en descens, gairebé en descens, en zona de ningú, en zona d'ascens i al final va aconseguir el objectiu de romandre un any més en la lliga de bronze del futbol espanyol.
La temporada 2008-09 va acabar en segona posició en el Grup III, només per darrere del Club Esportiu Alcoià. A la primera eliminatòria per l'ascens a la Segona divisió espanyola va jugar davant del Zamora Club de Futbol. En el partit d'anada disputat al Estadi Ruta de la Plata va vèncer per 0-2, gols de Matilla i Javi Selvas. En el partit de tornada disputat a la Ciutat Esportiva de Vila-real el filial groc va guanyar per 2-0.
El sorteig celebrat a la Ciutat del Futbol de Las Rozas el 25 de maig va donar com a rival del Villarreal B a segona ronda al lLorca Deportiva. En el primer dels dos partits, disputat a Vila-real el conjunt es va imposar per 1-0, gol aconseguit per. En el partit de tornada disputat a Lorca, es va imposar a domicili per 2-3, el que li va permetre classificar-se per a la ronda final de les eliminatòries per al ascens.
En el sorteig celebrat el 8 de juny de 2009, el Villarreal B va ser aparellat amb el Reial Jaén. El primer partit es va disputar a l'estadi “El Madrigal” de Vila-real, i la tornada al Nou Estadi de la Victòria de Jaén. El partit d'anada va finalitzar amb un empat sense gols. Per al partit de tornada a Jaén, el club va decidir pagar el desplaçament en autobús per a més de 300 aficionats. El filial groc va acabar guanyant el partit per 1-2, aconseguint l'ascens a la Segona Divisió A, on seria l'únic equip filial la temporada 2009. L'endemà d'aconseguir l'ascens, dilluns, el club va celebrar l’esdeveniment desplaçant els jugadors, cos tècnic i directiva en un autobús descapotable pels carrers de la ciutat i visitant l'ermita de la Mare de Déu de Gràcia, la basílica de Sant Pasqual, i acabant amb una recepció a l'Ajuntament, saludant des del balcó la gran massa de l’afició local.
En la mateixa temporada, dos jugadors de l'equip, Jordi Pablo i Mario, que ja havien debutat amb el primer equip, van rebre el premi Draft de plata en la seua edició de 2009. El Villarreal B va ser l'equip amb una mitjana d'edat més baixa de tots els que van disputar l'ascens a la Segona Divisió A, amb 22,3 anys. El jugador Marcos Gullón va ser convocat per la selecció espanyola sub-20 per disputar els Jocs Mediterranis 2009, i Mario i Jordi Pau van ser convocats per la Selecció de Futbol d'Espanya per a la fase de preparació per al Campionat Europeu de la UEFA Sub-19 d'Ucraïna.
